El CEPI tiene como misión:

 “Crear un espacio de discusión y movilizar conocimiento para investigaciones y programas académicos y aplicados sobre asuntos claves interamericanos en las relaciones internacionales, involucrando actores estatales e inter-societales y emerger como un generador de ideas de asuntos importantes dentro de la Cuenca del Caribe-Colombia, Venezuela, el Caribe y América Central- y América del Norte."

El CEPI considera que cae bajo el rubro de estudios interamericanos el análisis de cualquier tema que afecte a la región en su conjunto o a más de un país del continente. Se busca que este análisis se realice desde una perspectiva comparada o con un enfoque internacional. Por ejemplo, un análisis específico de la educación primaria en Colombia no cabría dentro del objetivo del centro. Sin embargo, si este estudio compara la educación primaria en Colombia con la de otros países de la región, o si se enfoca en cómo la migración de colombianos a Estados Unidos se ha traducido en nuevas pautas de educación en Colombia, el proyecto sí entraría dentro del tipo de estudios que busca promover el CEPI.

Los lineamientos que sustentan la misión del CEPI son:

Promover la investigación de temas "intermésticos". Dentro de los estudios interamericanos, el CEPI busca promover en particular el estudio de temas "intermésticos". Es decir, de temas que tradicionalmente son considerados como parte del ámbito interno pero que tienen importantes componentes y repercusiones internacionales. Este tipo de temas son de gran importancia en la región.

Promover la investigación con un enfoque “aplicado”. El CEPI busca promover un enfoque práctico y tener un alto impacto a través del análisis y la discusión de políticas públicas adoptadas por los distintos gobiernos de la región, así como por medio de recomendaciones concretas sobre problemas específicos que enfrentan estos países.

Promover la investigación “ interdisciplinaria”. El CEPI busca promover la investigación interdisciplinaria dentro de las ciencias sociales en el campo de estudio de los asuntos interamericanos para así lograr un entendimiento integral de los problemas y retos que enfrenta esta zona geográfica.

Promover la investigación con un enfoque “global”. El CEPI busca promover la investigación en el campo de estudio de los asuntos interamericanos desde una perspectiva global que permita entender la forma en la que las dinámicas interamericanas participan en lógicas globales más amplias y comparar estas dinámicas con las que experimentan otras zonas geográficas.